回到二楼右侧克兰普博士的办公室，发现了前田，有关这个事件的内幕越发明晰了起来，玛娅（MAYA）和阿娅的是两姐妹，她们在小时候曾经接受过来自日本的器官移植，捐献者为出车祸的母女，而这对母女的丈夫和父亲正是研究细胞生物学的专家，因此阿娅也具有PE能力，在EVE事件中觉醒，而当时主刀医师就是克兰普。克兰普在研究线粒体的无性繁殖，而联系此前一天在弗朗西斯医院的人工精子库的相关调查，不难发现梅丽莎也曾经使用过这类器官，由于她经常使用药物来抑制排斥反应，慢慢地身体抵抗能力变弱，觉醒的线粒体细胞逐渐控制了她的身体乃至意识，完全变成EVE，开始了向人类世界的报复……。
正在此时，绝望的克兰普突然扑向阿娅，幸好丹尼尔及时赶到，将其制服。而克兰普也遭到了报应，他的身体起火了！取得克兰普的钥匙，就能去博物馆剩下所有此前未曾到过的地方。
【3层】左下的房间，BOSS二连战：三角龙，HP2000，其EXP高达50000，为整个游戏之最！三角龙以电击和冲撞为主要攻击手段，当头部被打掉后，行动突然加速，横冲直撞，小心应付，同时要注意留一部分药物对付下一个BOSS。
【1层】BOSS二连战：霸王龙，HP2500。当打完三角龙后，没有机会去其他地方，就会被推下一楼，落在霸王龙所在的展厅。攻高防高的大块头，口吐火龙和尾巴横扫是主要的攻击方式。只是有些笨，同样要远离正面，慢慢耗即可。打完回到三楼，最左下角房间会有隐藏房间，里面有一周目最强武器——M9改2[注：美版的M9改2比日版要多2点攻击（53+2），相对的M8000也多4点攻击（57）]，如果此前工具不是浪费了太多的话，现在是到了用武之地了，多余的BP值爱用哪里用哪里，因为随后就是更为紧张的BOSS连战。
【4层】终于又遇到了EVE，此时的她肚子高高隆起，谁都不知道她所孕育的会是怎样的一个胎儿。就当阿娅把枪对准EVE的时候，纽约城的地下蠢蠢欲动，无数令人恐怖的黏液从下水道冲天而起，在空中交织成一个巨大的人形黏液怪，把EVE带走了。
美国海军的武装直升机紧急出动，迅速从四面八方包围了这个巨大的怪物，但是发射的导弹去完全穿不透怪物的保护罩，相反，直升机却被它轻松击落。阿娅不顾劝阻，亲自驾机带领又一个进攻分队起飞，在还未靠近的情况下，其他直升机纷纷爆炸坠毁。孤军奋战的阿娅在极近的距离攻击成功，终于击倒了怪物。爆炸产生的巨大冲击力，推倒了自由女神像……（CG）
【自由岛】就在众人击节相庆的时候，阿娅发现怪物倒下的地方，EVE仍然存在！
BOOS二连战：第四形态EVE，HP2000+1650+2400，分为头、身、尾三个目标，攻击方式多样，先打尾部，不要靠太近，否则被抓住可是非常痛苦的事。关键是把握各部分的攻击方式和规律，使自己的躲避和攻击都有高效率，循序渐进从下到上消灭目标。
BOSS二连战：第五形态EVE，HP2300。处理完第四形态的EVE，相信这里应该能相对轻松地过关了，注意她在空中时候是无法瞄准的，当然也不需要靠得很近才瞄准，因为BOSS移动非常快，同时别忘了及时解除不良状态，消灭EVE只是时间问题。
EVE的脸在扭曲，身体在融化，她终于被消灭，这漫长而艰难的一天，也过去了……
DAY6·Revolution|进化
EVE被消灭，海军正在进行清理工作，大家纷纷向阿娅表示祝贺，众人走向甲板……空气中充满着怪异的气氛，EVE的那个胎儿在此时降生了！这个怪婴拥有着邪恶而强大的力量，它周围的舰船、飞机纷纷爆炸，海军立即组织所有人员撤离。但阿娅决定留下来，她明白，只有她才可以对付这个完全体。前田似乎要给阿娅什么东西，但被心急的丹尼尔拎走了，阿娅整理装备，面对最后的挑战……
【准备室】在这里可以同NPC对话，选择命名的武器和防具，可以带到二周目，同时可以得到一部分补充药品，以及存取所有必要的道具，做最后的存档。
【甲板】最终BOSS四连战
完全体1：HP1300，婴儿状态，没什么威胁，注意及时躲避其大范围攻击即可，轻松击破，然后第一次变身。
完全体2：HP1200+1800，前半部分打完后，完全体2会分身，一个为空中的翅膀，及一个趴在地上的婴儿。观察BOSS的攻击方式，保持对地上目标的一定距离（靠得太近会被扑到），利用激光攻击的间隔狠狠地打就是了（只需打地上一个目标即可），注意空中部分的袭击，取胜后BOSS第二次变身。
完全体3：HP4300，这是最强状态，行动十分迅速，而且造成的伤害不菲。如果躲不过就拼药，当然，也可以一次耗尽满格PE来一个华丽的Liberate（LV33习得，打到这个份上，一般不会低于35级），然后就轻松多了。击败完全体3，再一次变身。
完全体4：HP8000。此时阿娅的攻击只能造成1的伤害，远在直升飞机上的前田才说刚才要给阿娅的是注入了她细胞的弹夹，丹尼尔一把抓过，奋不顾身地跳出机舱，在下落的过程中准确的把弹夹掷给了阿娅……绿色的巨大怪物在甲板上挣扎，但它居然没有死！
最后的时刻，不是打，而是逃。进入舱门，会提示战舰示意图，此时千万不要试着去存档，否则就准备再去打一次最终BOSS吧……一定要一路前进。不管阿娅跑得多快，切换场景后怪物总跟在后面，当然也不需要惊慌，在有分叉的走廊左拐，经过动力室的时候记住开启自爆装置，此时怪物已经追了下来，不过不需要理会，绕过它，跑到下方的楼梯处，然后一条路奔到底就可以了。
阿娅浮在海面上，看着火光熊熊的残骸，这一切终于结束了。
前田向阿娅解释着她的过去，原来阿娅在七岁的时候，右眼还曾接受过玛娅的眼角膜移植，这意味阿娅经常出现幻象，其实是玛娅最后的记忆，但这并无科学证明。当这部分线粒体进入阿娅体内的时候，也许经历着和EVE不同的进化过程……而与阿娅共生的线粒体，依然具有EVE的能力。线粒体之于人类如同人类之于这个生存的环境，其目的就是为了将自己的基因遗传下去……
[结尾]大家又回到修复后的剧场，观赏同一幕演出。阿娅的眼睛又感受到了异样的变化，剧场里其他观众的眼睛也开始变红了……
STAFF名单过后，耐心等待存档画面，接下去可以进入二周目，将会增加一座77层的克莱斯勒大厦，真正的结局等着你去完成。
