中原江湖，“老伯”孙玉伯的孙府与万鹏王的十二飞鹏帮相互对峙。老伯膝下一子孙剑、一女孙蝶，两大股肱易潜龙、陆漫天，以及得力助手律香川。“快活林”的主人高寄萍，人称“高老大”，手下有四名秘密杀手：叶翔、石群、孟星魂、小何。
律香川早就有杀死老伯的想法但是却按兵不动，因为他知道几乎不可能杀死老伯，他和高老大勾结，指派杀手去暗杀孙伯。 接令暗杀老伯的叶翔巧遇小蝶并一见钟情，坠入爱河不能自拔。 小蝶被律香川设计强暴，并在药力作用下与偶然闯入的叶翔也发生了关系。但老伯根本不相信小蝶的哭诉，将小蝶扫地出门。
叶翔在与老伯派来的“杀手中的杀手”韩棠的较量中，虽身体无恙但心灵受创，已经无法再做一名杀手。 萌生结束杀手生涯之念的孟星魂，接受高老大的条件刺杀老伯，却欲查出幕后雇主，在“快活林”跟踪可疑之人。叶翔劝其早日收手， 孟星魂偶然路过一个不知名的酒楼，那是第一次看到小蝶。 孙府与十二飞鹏帮短兵相接，老伯小时邻居、老乡及孙剑好友相继被杀，孙剑的安全也受到严重威胁。 因孙府戒备森严，孟星魂迟迟不能得手。小何爱慕高老大想出力表现自己，孟星魂无力阻拦，高老大知道后竟然不管，小何理所当然的失手被擒，老伯欲通过其得知幕后主使而留其性命，故意放走小何。孟星魂知道要想刺杀老伯，必先除去韩棠，而叶翔告诫孟星魂不是韩棠的对手。 老伯感到事态严重，紧急召回孙剑。
小何逃走之后没有注意到孙府的跟踪，孙剑处于愤怒不明就里的打残小何之后拎回孙府引起老伯愤怒。老伯设计孙剑击杀万鹏王，却不但孙剑反遭暗算被杀，韩棠也被十二飞鹏帮四大舵主所杀。 老伯震惊，怀疑并试探律香川。律香川此时演绎遭妻舅出卖受重伤，老伯将计就计一举击杀5位舵主重创十二飞鹏帮，但因易潜龙未奉召而来而有所顾虑，未乘胜追击。 对律香川深恶痛绝的小蝶，渐渐爱上孟星魂，而孟星魂则为了早日获得自由，更迫切地想刺杀老伯。
孟星魂将小蝶托付给叶翔。高老大却抢先让叶翔知道小蝶和孟星魂的关系。叶翔震怒，更加怨恨高老大，可他并不知道，孟星魂是高老大唯一爱的男人。 孟星魂混入孙府，发现陆漫天是欲杀老伯的幕后黑手。陆漫天与孟星魂商定隔日动手，孟星魂犹豫。 叶翔要带走小蝶母子，老伯坚决不允。叶翔声东击西攻向陆漫天。老伯出手阻挡，叶翔受伤殒命，临死示意老伯陆漫天是叛徒。叶翔用死让孟星魂得知小蝶是老伯之女，阻止了悲剧的发生，而叶翔之所以这么做是因为他觉得孟星魂是自己的影子。
陆漫天威胁孟星魂杀老伯，孟星魂向老伯坦白了自己的目的，并带小蝶退隐江湖。高老大痛苦万分，行动收敛;陆漫天尚不知道老伯早已看出他是叛徒，被律香川所杀。 十二飞鹏帮趁势展开攻击，凡与老伯有关系的江湖中人几乎都遭毒手，万鹏王甚至要老伯做他的“银鹏”舵主并不得拒绝。 孙府进入一级戒备，老伯确定了攻击飞鹏堡行动方案。在知晓了老伯的“全部”、庞大的产业之后，律香川将凤凤献给老伯，却乘机施以暗算。老伯经密道逃至马家驿。
曾受恩于老伯的马方中以死报恩。 与老伯一同受困于密室的凤凤，得知老伯尚有一支精锐部队“虎组”，并取得联络暗号，出得密室正自得意，却被孟星魂所制。 孟星魂见过老伯后赶至孙府，却与石群相遇。石群带孟星魂面见高老大，却见律香川以高老大和小蝶的性命相要挟，要孟星魂说出老伯藏身之处。孟星魂方才明白：高老大与律香川合谋! 孟星魂袭杀凤凤反被律香川所伤，并得知律香川勾结的是屠大鹏而非万鹏王，老伯和万鹏王这两个不世枭雄竟然都是被自己的亲信副手所背叛! 孟星魂回到马家密室发现老伯已逃走，律香川逼问老伯下落，孟星魂绝口不说。两人斗得两败俱伤时，“虎组”首领易潜龙出现，至此时才明白易潜龙并没有背叛老伯，反而是老伯最忠诚的朋友，老伯收拾完所有的事情之后没有理会律香川就走了，律香川却还执迷不悟的认为只要自己没死就可以东山再起，他找到了他觉得最信任的朋友，并最终死于这位叫夏青的好友之手，临死前终于尝到了被最信任的朋友反叛的滋味。
老伯放过高老大，并把“快活林”的地契交给她。高老大虽然得到了她梦寐以求的“快活林”，至此，叶翔已死，孟星魂跟了老伯，小何虽然没死但因残疾生活都无法自理，只有单纯的石群还健在，感觉失去了宝贵的亲情、浓于血的友情和得不到的爱情，于是选择了自杀!屠城也因为低估了万鹏王的实力刺杀失败。万鹏王也因为失去了诸多的亲信而痛苦，经此，江湖两大帮派均损失惨重，遂各自收兵、休养生息，江湖复归暂时的平静……
《流星蝴蝶剑》有些不同于传统意义上的武侠小说。
倘若仔细回忆，会发现这本书中对于“武”的描写非常的少，甚至几乎没有出现过武功的招式名称和对武器的描述。没有“大力金刚掌”、“凌波微步”之类奇幻的武功，也没有“玄铁重剑”、“金蛇剑”之类凌厉的兵器。孟星魂擅长怎样的武功?善用怎样的武器?小说中都没有描述。古龙在中后期的作品中已经形成了自己的风格。对于武功的描写，古龙更注重“意”而不是“形”。我觉得这一点很好，也很聪明。因为金庸梁羽生等人已经把武功招式、武器细化到一定程度了，所以古龙的这种风格避免了雷同，可谓是另辟蹊径。
《流星蝴蝶剑》的中心思想应该是对人性的探讨和对自由的追求。什么样的人值得信任?人生的真正意义是什么?古龙给出了自己的答案。古龙的中后期作品中，有大量篇幅的对人性的探寻。在这些作品中，没有绝对的恶人，也没有绝对的善人。主人公并不见得就是义薄云天的大侠。像《流星蝴蝶剑》里的孟星魂，只不过是个“被婊子养大和利用的刺客”而已。他杀了许多人，双手沾满血腥。这样的一个人难称完美，在梁羽生的小说中也许就是个反面角色了。但古龙能够辨证地看待人性。什么是“坏人”?从“好人”的观点出发，“坏人”就是和“好人”价值观相悖、行为相左的人。可是，“好人”的价值观就一定正确吗?每个人都会从自身的利益出发去看周围的世界，谁能保证“好人”就是彻底正确的?
